"Великий злодей Мегамозг победил своего векового врага и оставил за собой пустоту. Но в это время две инопланетные семьи отправляют своих детей на Землю. Один из них, приземлившись в Метро-Сити, обретает любящую семью и жизнь полную комфорта. А другой оказывается в тюрьме. Он становится суперзлодеем и начинает нападать на город. Но Мегамозг не сдаётся и успешно отражает атаки. Все ожидают решающей битвы двух противников, но коварный Мегамозг перехитрил своего врага и одержал победу. Теперь город остаётся без своего защитника. Но хотя Мегамозг и победил, он чувствует себя потерянным. Чтобы вновь найти цель, он решает создать нового супергероя и вступить с ним в вечную борьбу.